Program Khusus yang menjadi keunggulan dari SMP Muhammadiyah Al Kautsar adalah Comprehensive Guidance
Spiritual Guidance adalah sebuah bentuk pendampingan anak dalam sisi spiritual keagamaan. Bentuk kegiatan pendampingannya adalah :
Health Guidance adalah sebuah upaya pendampingan anak dari sisi kesehatan dan kekuatan fisik. Adapun bentuk kegiatannya adalah :
Character Guidance adalah sebuah upaya pendampingan anak dari kepribadian dan akhlak. Adapun bentuk kegiatannya adalah :
Academic and potential Guidance adalah sebuah upaya pendampingan anak untuk meningkatkan kemampuan akademik dan non akademik. Adapun bentuk kegiatannya adalah:
Social Guidance adalah sebuah pendampingan agar anak mampu hidup dan bersosialisasi dengan baik dalam lingkungan masyarakat dengan berbagai kegiatan yang posiif. Ujung tombak dari social Guidance adalah adanya program Agen of change, yaitu sebuah program pelatihan anak untuk berperan aktif turun dimasyarakat dengan bentuk kegiatan seperti, pengiriman Da’I, mengajar TPQ, bersih desa, bakti sosial, dan berbagai kegiatan sejenis lainnya yang berfungsi sebagai bentuk imbal balik terhadap masyarakat dalam peranan dan kerjasamanya menyukseskan pendidikan anak.
Long life guidance adalah program pendampingan yang dilaksanakan oleh sekolah secara terus menerus kepada seluruh alumni SMP Muhammadiyah Al-kautsar. Dalam hal ini sekolah senantiasa membuka diri bagi seluruh alumni yang menginginkan pendampingan dari pihak sekolah.